issue tracker

Я еще и в ежедневник пишу, к начальству без него заходить низзя.

Все зависит от задач.

— Если это задачи задачи проекта, над которым работаю (и особенно веду) в компании где работаю — багтрекер (я бы скачал система задач, ибо там не только баги).
— Организационные задачи (встречи и т.п.) — забиваю в календарь в коммуникатор (синхронизирую с аутлуком, но он у меня стоит на виртуальной машине и используется исключительно для бэкапов, засинхрить тандерберд+лайтнинг с вимо мне так и не удалось, поэтому обхожусь без уведомлений в компе).
— Задачи которые нужно сделать в самое ближайшее время, сразу после завершения текущей — пишу на стикерах и клею на стенку рядом.
— Задачи по своим проектам (которые делаю для себя, чтобы потрнироваться или выучить что-то) пишу каментами TODO: — эклипс умеет их собирать отовсюду и представлять в виде списка.
— Идеи, которые нужно будет потом обдумать (например идеи проектов) — таск-лиск в коммуникаторе.
— Ну и конечно же некоторые задачи приходится держать в голове =)

Держу все в голове и Google Tasks

Trac
Удобно и задачами управлять, и за своими проектами в svn наблюдать, и мысли в вики записывать.
В своё время много программный средств для это пересмотрел, но не один не прижился.
Остановился на Trac, т.к. и по работе с ним постоянно работаю.

Дома повесил магнитомаркерную доску, треть которой выделил для стикеров с запланированными/выполненными задачами. Кроме того, часть задач забивается в todo-листы в BaseCamp.

Todoist

Это оффтопик, но меня всегда интересовало: почему файл текстово́й, когда он те́кстовый?

А где вариант — «НЛО думает за меня?» :)
Если серьезно — не слишком полагаюсь на аутлук и различные туду листы, стараюсь держать все самое важное в голове.

пишу в кпк, иногда в бумажный блокнот

Крупные/важные или планируемые надолго вперед вещи пишу в Outlook/КПК (они синхронизируются), кучу всякой повседневной мелочи держу в голове.

Где вариант бумажный ежедневник? (:

*.txt