357 читателей, 17 постов
Администрация
Модераторы
Блог о генетике и биотехнологиях.
Биотехнологии whois
- индекс
- 213,07
Фолдинг белков превратили в компьютерную игру
Потрясающую игру разработали учёные из Вашингтонского университета (США). Программа под названием Fold.it представляет собой модель сворачивания белков в трёхмерные конструкции. Геймер должен попытаться сделать это наиболее удачным образом. В программу будут загружаться реальные данные о настоящих, только что изобретённых протеинах, которые непонятно как сворачиваются. Результаты отправятся через интернет в центр обработки, где их проверят на суперкомпьютере (это будет с осени, а пока что в программу заложены уже решённые загадки, так что сейчас она выполняет роль тренажёра).
В самом деле, все геймеры нашего мира тратят миллиарды человеко-часов на бесполезные для человечества игры типа WoW, Counter-Strike или пасьянса «Косынка». В то же время они могли бы использовать интеллект более эффективно: например, сворачивая белки на экране своего монитора. Это ведь тоже по-своему интересно.
Один из разработчиков игры, профессор биохимии Дэвид Бейкер, искренне верит, что где-то в мире живут таланты, у которых есть врождённая способность просчитывать в уме 3D-модели протеинов. Какой-нибудь 12-летний мальчик из Индонезии увидит игру и сможет решить задачи, которые не под силу даже суперкомпьютеру. Кто знает, может, такие люди действительно есть?
Каждый протеин (в человеческом теле их более 100 000 видов) представляет собой длинную молекулу. Предсказать, в какую замысловатую форму свернётся эта молекула в тех или иных условиях (и способна ли она вообще свернуться в какую-либо устойчивую форму) — задача высшей степени сложности. Компьютерное моделирование представляет собой ресурсоёмкий процесс, но в то же время критически важный в фармацевтике. Ведь не зная формы белка невозможно смоделировать его свойства. Если же эти свойства являются полезными, то протеины можно синтезировать и на их базе сделать новые эффективные препараты, например, для лечения рака или СПИДа (Нобелевская премия гарантирована в обоих случаях).
В настоящее время над обсчитыванием модели каждой новой молекулы белка трудятся сотни тысяч компьютеров в распределённой вычислительной сети, однако ученые из Вашингтонского университета предлагают другой способ: не тупой перебор всех вариантов, а интеллектуальный мозговой штурм через компьютерную игру. Количество вариантов сокращается на порядок, а суперкомпьютер гораздо быстрее найдёт правильные параметры фолдинга.
В трёхмерную «развлекалку» Fold.it могут играть все: даже дети и секретарши, которые понятия не имеют о молекулярной биологии. Разработчики постарались сделать такую игру, чтобы она была интересна каждому. А результат игры вполне может стать основой для Нобелевской премии и спасти жизни тысяч людей.
Программа выпущена в версиях под Win и Mac. Дистрибутив размером 53 МБ можно скачать после регистрации.
В самом деле, все геймеры нашего мира тратят миллиарды человеко-часов на бесполезные для человечества игры типа WoW, Counter-Strike или пасьянса «Косынка». В то же время они могли бы использовать интеллект более эффективно: например, сворачивая белки на экране своего монитора. Это ведь тоже по-своему интересно.
Один из разработчиков игры, профессор биохимии Дэвид Бейкер, искренне верит, что где-то в мире живут таланты, у которых есть врождённая способность просчитывать в уме 3D-модели протеинов. Какой-нибудь 12-летний мальчик из Индонезии увидит игру и сможет решить задачи, которые не под силу даже суперкомпьютеру. Кто знает, может, такие люди действительно есть?
Каждый протеин (в человеческом теле их более 100 000 видов) представляет собой длинную молекулу. Предсказать, в какую замысловатую форму свернётся эта молекула в тех или иных условиях (и способна ли она вообще свернуться в какую-либо устойчивую форму) — задача высшей степени сложности. Компьютерное моделирование представляет собой ресурсоёмкий процесс, но в то же время критически важный в фармацевтике. Ведь не зная формы белка невозможно смоделировать его свойства. Если же эти свойства являются полезными, то протеины можно синтезировать и на их базе сделать новые эффективные препараты, например, для лечения рака или СПИДа (Нобелевская премия гарантирована в обоих случаях).
В настоящее время над обсчитыванием модели каждой новой молекулы белка трудятся сотни тысяч компьютеров в распределённой вычислительной сети, однако ученые из Вашингтонского университета предлагают другой способ: не тупой перебор всех вариантов, а интеллектуальный мозговой штурм через компьютерную игру. Количество вариантов сокращается на порядок, а суперкомпьютер гораздо быстрее найдёт правильные параметры фолдинга.
В трёхмерную «развлекалку» Fold.it могут играть все: даже дети и секретарши, которые понятия не имеют о молекулярной биологии. Разработчики постарались сделать такую игру, чтобы она была интересна каждому. А результат игры вполне может стать основой для Нобелевской премии и спасти жизни тысяч людей.
Программа выпущена в версиях под Win и Mac. Дистрибутив размером 53 МБ можно скачать после регистрации.
комментарии (33)
http://en.wikipedia.org/wiki/JFK_Reloade…
Спешу разочаровать товарища профессора, таких людей можно по пальцам просчитать: Чак Норрис, Брюс Виллис и Анатолий Вассерман (прощай карма).
(Это я говорю с полчаса поигравшись с этой программой и вроде бы поняв что там к чему)
Вот не факт, что такие ручные свёртки окажутся действительно полезны для дела. Но им виднее, да.
это для казуальщиков, труЪ-геймеры играют в Assembler и Brainfuck
Сама игрушка весьма головоломная, это вам не тетрис:) Тут особое мышление нужно, как в шахматах или бильярде. Потенциально может стать новым видом киберспорта:) Если бы еще интерфейс оптимизировать... сводить мышью две спиральки друг к другу сложновато. Застрял на некоторое время на уровне 3-3. В общем, там оранжевые (гидрофобные) отростки надо прятать за синими, что ли... 8934 из 8935... YES!!!11111 53 мин 09 сек... Нехилый такой убийца времени. Дальше несколько сравнительно легких уровней (особо примечателен 4-2), но затем идет коварное западло 5-1 с выносом мозга. Вот и 5-3 Final Challenge, тоже довольно легкий. Возможно потому, что под конец обучения начинаешь понимать, как этот трехмерный пазл складывается, на более высоком уровне.
А вот в онлайне уже начинается серьезный фолдинг. Мало собрать все в единое целое, надо минимизировать "хвосты", которые мешают занять первое место в рейтинге. Пока добрался до 338 из нескольких тысяч. На сегодня все, время пожирать эта игрушка умеет:)
Фактически игра (когда в ней начнется дизайн молекул под определенную задачу) может стать мощным инструментом разработки биохимических структур - тем же, чем для промышленного 3D-моделирования является AutoCAD. Говорят, первые программисты тоже "игрались" с кодом. Фактически мы с вами присутствуем при зарождении новой профессии или даже целой индустрии. Пускай это всего лишь аналог Basic, рано или поздно из спортивного такое творчество превратится в профессиональное, а его продукты будут лицензироваться и выполняться на заказ, как сегодня обычный софт. До сих пор фолдинг был наукой, сегодня он превращается в искусство. Добро пожаловать в эпоху биодизайна. Кто поставит его на коммерческие рельсы, тот станет... если не Гейтсом, то как минимум Джобсом нового времени.