Хабрахабр: Метки / днк

Научно-популярное / NASA заявила об обнаружении новой формы жизни… на Земле

Julles — Fri, 03 Dec 2010 04:36:41 GMT

Недавняя пресс-конференция NASA стала для многих разочарованием. Слухи, которые курсировали за пару дней до нее, предполагали, что NASA объявит об обнаружении внеземной формы жизни, но оказалось, что эту жизнь нашли на Земле. И, более того, нашли вообще-то еще два, а то и три года назад. В чем же сенсация?

Выяснилось...

Блог компании Intel / Суперкомпьютеры на страже генетики

Boomburum — Thu, 01 Jul 2010 07:00:42 GMT

В преддверии нового поста программы "5 недель с компанией Intel", предлагаю ознакомиться с интересным текстом, в котором рассказывается о применений высокопроизводительных систем (HPC) на примере нескольких российских разработок.

Читать дальше →

Копирайт / Американский суд признал незаконной монополию на гены рака груди

VovixLDR — Thu, 01 Apr 2010 00:52:25 GMT

Все мы хорошо знаем, кто такие патентные тролли — существа-паразиты, кормящиеся всякими там двойными кликами или подчеркнутыми ссылками, которые они в свое время из-за багов в законодательстве умудрились запатентовать. К сожалению, существует и более опасная, в том числе и для жизни человека, разновидность этих вредителей — патентные тролли-каннибалы. Эти антропоиды пытаются наложить лапу на «изобретенную» матерью-природой неотъемлемую составляющую человеческого организма — гены, чтобы поиметь с них нехилый профит. Нет, они конечно ребята благородные, за каждым центом не гонятся. Например, компания Myriad Genetics долгое время закрывала глаза на то, что три с лишним миллиарда женщин злостно, безо всяких лицензионных отчислений, годами несанкционированно используют и (о ужас!) копируют в миллиардах экземпляров «изобретения», «разработанные» этой компанией — гены BRCA1 и BRCA2, мутации в которых способны привести к раку груди и других женских органов. Но когда особо наглые «контрафактщицы» начинают еще и интересоваться содержимым своих и так нелицензионных копий, проверять, не бажные ли они, да еще и постоянно заявляют, будто этот контрафакт принадлежит им самим… тут уж терпению троллей-каннибалов наступает конец, и они, размахивая патентами, яростно защищают свое монопольное право продавать девайсы для тестирования их «интеллектуальной собственности» по ценам, устанавливаемым от совсем не женского полового органа.

Вернее, защищали. Потому как пару дней назад в наглые тролльские зубы, раскрывшиеся в ожидании очередной порции ~~соплей девственниц~~, с хрустом ударил судейский молоток. Федеральный суд Южного округа Нью-Йорка признал незаконными патенты на варианты генов, связанные с повышенным риском развития онкологических заболеваний. Соответствующее решение было вынесено судьей Робертом Свитом (Robert W. Sweet) в понедельник, 29 марта.

Читать дальше →

Биотехнологии / Преступника вычислили по собачьему ДНК

alizar — Fri, 19 Mar 2010 14:26:24 GMT

В то время как попытки составить базу данных с образцами человеческих ДНК жёстко пресекаются правозащитниками, полиции приходится проявлять изобретательность. Недавний случай в Лондоне стал первым в истории криминалистики, когда вину убийцы доказали с помощью ДНК его собаки.

Членов бандитской группировки из Южного Лондона поймали после анализа пятнышка крови, которое оставил на месте преступления стаффордширский бультерьер. Он тоже участвовал в убийстве и случайно порезался во время нападения на жертву. Полиция смогла доказать, что владелец собаки тоже был на месте преступления.

Ещё более интересная история произошла пять лет назад в Германии. В лесу нашли труп женщины, закопанный под дубом. Вину мужа никак не удавалось доказать, пока в багажнике его машины не нашли кусочек дерева. Анализ показал, что это именно тот дуб, под которым нашли труп. У растений тоже есть ДНК.

via slashdot

Научно-популярное / [Перевод] Генетический код 2.0

smartov — Tue, 16 Feb 2010 22:03:08 GMT

Открыт новый подход к использованию генетического материала, который позволит создавать белки со свойствами, невиданными в естественной среде. Открытие может когда-нибудь привести к созданию новой либо «улучшенной» формы жизни, которая вберет в себя эти новые материалы.

Во всех существующих формах жизни, четыре «буквы» генетического кода, называемые нуклеотидами, читаются триплетами, так что три нуклеотида кодируют аминокислоту.

Но так было раньше...

Биотехнологии / [Перевод] О гриппе А (H1N1) с точки зрения программирования

alizar — Wed, 02 Sep 2009 14:07:11 GMT

Учёные уже полностью дизассемблировали H1N1 и занесли его в вирусную базу NCBI Influenza Virus Resource. Там всё задокументировано в подробностях. Например, образец A/Italy/49/2009(H1N1) был обнаружен в носу 26-летней женщины, вернувшейся из Италии в США. Вот первые 120 бит его генетического кода.

atgaaggcaa tactagtagt tctgctatat acatttgcaa ccgcaaatgc agacacatta

Сколько бит убьёт человека?
По приблизительным подсчётам, общий размер исходников H1N1 составляет 26 022 бит, а если исключить служебные стоп-сигналы (указывают на окончание каждой белковой последовательности), то исполняемый код состоит примерно из 25 054 бит. Это число является приблизительным ещё и потому, что в вирусе присутствует механизм генерации избыточного мусора для маскировки от антивирусов.

Итак, получается около 25 килобит или 3,2 килобайта. Таков объём кода для программы, имеющей ненулевые шансы убить человека. H1N1 написан гораздо эффективнее, чем компьютерный вирус MyDoom размером около 22 КБ.

Очень унизительно, что меня могут убить всего 3,2 КБ генетических данных. Впрочем, в 850 МБ человеческого генома по любому должны быть дыры для парочки эксплойтов.

Читать дальше →

Железо / Транзистор из человеческих ДНК

alizar — Tue, 18 Aug 2009 08:39:56 GMT

Пару лет назад американский биолог Пол Ротмунд обнаружил, что молекулы ДНК обладают способностью к самосборке в различные правильные геометрические формы — треугольники, квадраты, звёздочки и т.д. (работа Ротмунда в PDF). Это действительно интересное открытие (оно вошло в список 12 самых важных научных открытий 2006 года) теоретически позволяет сделать из нашего ДНК нечто вроде конструктора «Лего».

Практическая реализация такой возможности не заставила себя долго ждать.

Читать дальше →

Персональные блоги / Yeah! Buy DNA Upgrade at 50% discount!

GrustniyKot — Tue, 07 Jul 2009 00:31:41 GMT

Размышления навеяны постом Стивен Хокинг призывает к апгрейду ДНК.

Заранее скажу, мне нравится сама идея апгрейда. Я хотел бы жить долго и счастливо, быть невероятно умным и сильным. И чтобы тоже самое было у моих родных, и у друзей, и у просто хороших людей. Я бы занимался открытиями, и заканчивал их сам даже спустя 100-200 лет. Я бы исследовал космос.

Но во первых любой человек — хороший до какого-то момента, особенно пока у него не появится преимущества над остальными. А во вторых, так просто не будет.

Если бы мы жили не в 2009 году, а в году в котором завтра открываются лаборатории по апгрейду ДНК — я не хотел бы там жить. Я не хотел бы наблюдать увядание расы.

Читать дальше →

Будущее здесь / Стивен Хокинг призывает к апгрейду ДНК

alizar — Mon, 06 Jul 2009 14:23:20 GMT

Выделение хомо сапиенс в отдельный вид приматов потребовало несколько миллионов лет. За это время полезная часть ДНК изменилась на пару миллионов бит. Таким образом, скорость эволюции у людей можно примерно оценить как 1 бит в год.

Так начинает свою лекцию “Жизнь во Вселенной” знаменитый Стивен Хокинг. Он говорит о появлении сверхчеловека, то есть новой расы людей, которая возникнет в результате резкого эволюционного скачка, когда люди начнут вносить исправления в собственную ДНК.

«Для сравнения, — продолжает профессор — сейчас каждый год публикуется 50 000 книг на английском языке, в сумме они содержат сотни миллиардов бит. Конечно, большая часть — бесполезный мусор, который невозможно использовать для жизни в какой бы то ни было форме. Однако, даже если так, всё равно скорость добавления полезной информации может быть в миллионы или миллиарды раз выше, чем сейчас в ДНК».

«Думаю, можно взглянуть на вещи шире и включить внешнюю [externally transmitted] информацию в эволюцию человеческой расы», — предлагает Стивен Хокинг.

На место отдельных участков ДНК можно интегрировать механико-электронные компоненты, которые постепенно могут полностью вытеснить ДНК из генома, также как ДНК вытеснила ранние формы жизни.

По мнению Хокинга, сначала следует устранить известные генетические дефекты, такие как фиброзно-кистозная дегенерация или мускульная дистрофия. За них отвечают единичные гены, которые довольно просто идентифицировать и исправить. Другие характеристики человека, такие как интеллект, будет непросто проапгрейдить, потому что за эти качества отвечают комплексы генов, и найти их будет сложнее, так же как определить связи между ними.

Однако, Стивен Хокинг уверен, что уже в течение ближайшего столетия люди найдут способы модифицировать интеллект и инстинкты, такие как агрессивность. Только так мы сможем избежать самоуничтожения и колонизировать другие планеты.

via The Daily Galaxy

Научно-популярное / Биология развития для гиков.

gleb_kudr — Fri, 27 Mar 2009 17:52:04 GMT

Сегодня я, как и обещал, начну цикл статей, посвященный биологии развития. Стиль изложения нарочито-технократический, так как именно информационные аналогии наиболее лучшим образом дают возможность понять, как устроена жизнь.

Биология развития – это такая наука, которая отвечает на вопрос, как именно, например, из клетки берется взрослый организм? В принципе регуляцию жизни одной единственной клетки можно рассматривать как базу биологии развития. С нее и начнем.

Читать дальше →

Биотехнологии / Генная инженерия от A до Z часть 3

gleb_kudr — Wed, 25 Feb 2009 12:36:44 GMT

Краткое содержание предыдущих серий:

Ученые открыли ген синего свечения. Мы прочитали об этом гене загорелись сделать светящуюся трансгенную елку. Нашли в специализированных ресурсах его название и последовательность, выбили командировку у шефа и скатались туда, где живет животное – бутявка, в которой содержится этот ген.
Путем различных ухищрений с применением специального оборудования мы получили чистые молекулы ДНК гена bl1.
К этим молекулам ДНК навесили служебные последовательности для работы внутри клетки, и создали трансгенные бактерии E.coli на их основе.

Читать дальше →

Биотехнологии / Генная инженерия от A до Z часть 2

gleb_kudr — Sun, 11 Jan 2009 21:42:31 GMT

Итак, настало время продолжения статьи о том, как все же сделать светящуюся елку к следующему новому году с применением настоящей генной инженерии, а не той, о которой вы до этого могли прочитать в новостях :)

Краткое содержание предыдущей серии:

Ученые открыли ген синего свечения. Мы прочитали об этом гене и загорелись сделать светящуюся трансгенную елку. Нашли в специализированных ресурсах его название и последовательность, выбили командировку у шефа и скатались туда, где живет животное – бутявка, в которой содержится этот ген.
Путем различных ухищрений с применением специального оборудования мы получили чистые молекулы ДНК гена bl1, кодирующего белок синего свечения.

У нас есть ген. Чего же мы ждем, спросят читатели, давайте засунем этот ген в елку и она начнет светиться?

Не все так просто, и вот, почему.

Читать дальше →

Персональные блоги / Генная инженерия от A до Z

gleb_kudr — Wed, 07 Jan 2009 18:40:35 GMT

Приветствую уважаемое сообщество!

Итак, это мой первый пост на хабре :)
Посвящен он будет серьезной теме, в которой, волею судеб, я неплохо разбираюсь. А именно, генной инженерии.

Помнится, тут пробегал пост habrahabr.ru/blogs/the_future_is_here/48069/ в котором говорилось о геннотехнологической лаборатории “на коленке”. Оказалось, что тема интересна аудитории, поэтому я решил заняться ее развитием с просветительскими целями.

Я буду давать наглядные и понятные обычным людям примеры для описания сложных процессов. Если кто-то посчитает нужным меня поправить – не стесняйтесь. Я буду сознательно упускать многие вещи, но если вам кажется, что без них страдает логика изложения – так же поправляйте.

Читать дальше →

Биотехнологии / Personal Genome Project: учёные раскрывают свои ДНК для всего мира

alizar — Tue, 21 Oct 2008 11:09:38 GMT

С шокирующим пренебрежением к собственной приватности как минимум 10 человек уже согласились выложить в открытый доступ собственные ДНК для расшифровки и анализа. Это учёные и компьютерщики из Гарварда, Дьюка и других американских университетов. Все они выслали по кусочку своей кожи и согласились на открытую публикацию данных анализа.

Таковы условия нового проекта Personal Genome Project, в рамках которого планируется привлечь к аналогичным действиям как минимум 100 000 человек и составить огромную открытую базу человеческих генотипов. Предполагается, что создание такой базы ускорит разработку новых лекарств и научно-исследовательскую работу генетиков. Собственно, с этим фактом соглашаются все в научном сообществе: чем больше такой информации будет в открытом виде, тем быстрее пойдут исследования.

Анализ ДНК на самом деле может дать человеку огромное количество информации о его собственном здоровье (человек может узнать о своей предрасположенности к ожирению, алкоголизму, раку, болезни Альцгеймера и сотням других болезней), а в некоторых случаях даже спасти ему жизнь. Например, недавно Сергей Брин (основатель компании Google) сделал анализ и теперь знает, что ему грозит смертельная болезнь. По крайней мере, у него есть пара десятилетий, чтобы подготовиться.

Читать дальше →

Персональные блоги / Размышления об окружающем мире

sorokin88 — Wed, 23 Jul 2008 07:48:44 GMT

Я прочитал недавно опубликованную на Хабре статью «Давайте будем чем-то большим» и решил всерьёз задуматься над тем, что такое мир и человек внутри него. Вот, что из этого вышло. Хотелось бы узнать ваше мнение о том, насколько полезны подобные размышления, и сразу говорю, что написанное ниже не является шуткой, а вполне реальные мысли, которые напрямую связаны с компьютерной тематикой сайта.

Читать дальше →

Подкасты / [PODCAST] Радио-Э — Подкаст №10 \!!! ЮБИЛЕЙНЫЙ!!/

RENKIN — Mon, 24 Mar 2008 21:23:02 GMT

- На АЗС начали заправлять интернетом
- WiMAX в волшебной стране
- Как ЭТО делают люди?
- JHL: тяжелый конвертоплан Пентагона
- Запись бинарного кода в ДНК
- Векторный пульт управления телевизором
- Яндекс.Пробки
- Маленькие лаптопы
- "Взлом" Blu-ray
- Рубрика вредные советы: ещё один совет, которым лучше не пользоваться
- Боевой твердотельный лазер + краткий мануал по лазерной резке
- День молчания в ЖЖ
- Проблемы социального интернета, аккаунты
- Гость из Польши online
- Международный самогон: гоним вместе
- Российская vs европейская бизнес-модель
2008.03.21

Слить файло к себе на комп. [1h:09m:50s] 16 МБ
podcast by РАДИО-Э.ru

Персональные блоги / Может ли программист быть эволюционистом?

TiGR — Wed, 07 Nov 2007 18:38:10 GMT

Когда Дарвин выдвинул свою теорию, наука мало чего подозревала о наличии живой клетки, а уж тем более о её строении. Кое-что было известно о строении органов, но вот заглянуть до уровня клеток, и глубже, науке ещё только предстояло.

Что уж говорить о том, что в те времена ни о каком ДНК никто не догадывался. А если кто и догадывался о чём-то подобном, то настолько смутно, что это не могло стать хоть каким-либо препятствием на пути распространения теории эволюции.

И тогда можно было делать широкомасштабные выводы, совершенно не оглядываясь на наследственные механизмы и программу ДНК, хотя любого современного программиста подобные рассуждения повергли бы в шок.

Читать дальше →

Персональные блоги / Первооткрыватель ДНК получил в подарок запись своего генома на двух DVD-дисках

BBSoD — Wed, 06 Jun 2007 18:06:06 GMT

Ричард Гиббс, директор Центра секвенирования генома человека, и Джонатан Ротберг, основатель компании 454 Life Sciences, подарили Джеймсу Уотсону — одному из первооткрывателей структуры ДНК в 1953 году — запись его генома на двух DVD-дисках.

Читать дальше →

Дизайн в IT / Фотография ДНК

paveliche — Sun, 27 May 2007 09:40:45 GMT

Художники Адриан Саламунович и Назим Ахмед организовали компанию, которая главной своей услугой предлагает фотографию вашей ДНК.

Вы выбираете размер рамки, цветовую палитру, в течение 10 дней получаете специальный kit и отправляете свою ДНК обратно. Через 6-8 недель имеете готовый отпечаток вашей ДНК, который можете повесить, например, в спальне =)

Вопросы безопасности в веб-технологиях / Google Code Search проиндексировал много php-скриптов… вместе с паролями…

schors — Wed, 27 Dec 2006 16:10:35 GMT

Сегодня в ЖЖ во френдленте обнаружил интересную ссылку lang:php ... . По этой ссылке можно увидеть результаты простого поискового запроса к Google'евскому поиску по коду.

То что искушённый читатель видит на экране, а видит он красивую таблицу различных логинов и паролей к базам данных MySQL (достаточно много ссылок работают), является ярким примером того, почему надо чётко разделять код и данные, и тем более настроечные данные. И чем именно плох php, не сам по себе, а тот стиль разработки, который он прививает у неискушённого программиста.

Перед комментарием проверьте, нет ли там пароля от Вашей базы? А то, возможно, ОНИ уже идут к Вам :)

P.S. Представляю, в каком объёме сейчас горе-разработчики переведут стрелок на возмутительное поведение поисковой машины.