Голословное утверждение. Не видел ни одного примера, чтобы на вычислительных задачах Java выиграла у релизной сборки С++. На реальных задачах — сеть, СУБД, это уже не так заметно.
Но если представить выставление параметра -O3 ручной оптимизацией, то утверждение становится верным =)

Еще замечу что с вашим секундным циклом пробовать реализовать дозирование — тухлый номер. Точность будет отвратительная, недопустимая для заказчика. Нормальное время цикла с целью учета прогнозирования предостановки я бы оценил в 50-100 мс.

Для показанного элеватора вы еще можете «выкрутиться», но для комбикормового завода, близкого по технологии, рецептура уже будет непоправимо нарушена.

Второй момент — есть разница между ПЛК и внедряемым компьютером. Все о чем говорится выше — это внедряемые системы, причем не использующие системы реального времени, с программной эмуляцией работы ПЛК.
Если кому интересны действительно хорошие ПЛК решения, можно посмотреть в гугле PLC market share.

Итого — первичный выбор ужасной аппаратной платформы привел к полной переделке впоследствии. Кстати тоже на не лучшую.