Раздача научного софта. Бесплатно


    Так уж получилось, что до того, как стать физиком, я хотел быть программистом. Не сложилось, но тяга писать программки не прошла. Как результат — за 15 лет работы в науке, было написано приличное количество разнообразного прикладного софта. Конечно, большая часть была совершенно одноразовой, и мотивацией для ее написания была фраза из мультика — «лучше день потерять, потом за пять минут долететь». Но некоторые вещи оказались долгоиграющими, пошли «в народ», кое-что даже продается. Для продажи этого «кое-чего» даже был создан сайт, ориентированный на «заграницу», но это было сделано больше ради эксперимента, а не с целью заработать какие-то реальные деньги, тем более что софт по большей части очень специфический, и спрос на него не велик. Но хватит о коммерции.

    Я бы хотел совершенно безвозмездно поделиться частью своих наработок (тем, что не очень стыдно показать) с хабрасообществом, в надежде, что они могут оказаться полезными для молодых (и не очень) ученых, аспирантов и студентов, и кто-то сможет использовать их в своей работе. Вашему вниманию предлагается следующее (в порядке возрастания специфичности):
    • SciRef — менеджер цитирований.
    • AFM Vision — удобная визуализация данных атомно-силовой микроскопии.
    • Raman 2D — построение карты распределения интенсивности Рамановского излучения.
    • X-Ray Calc — симуляция рентгеновской дифракции тонких пленок.

    Подробное описание возможностей, скриншоты (много) и ссылки — под катом.

    Менеджер цитирований SciRef


    Это, пожалуй, наименее специфический софт из упомянутого выше, который может использоваться не только физиками, но и специалистами из других областей (биология, химия и т.д.). Желание сделать свой велосипед появилось как результат неудовлетворенности имевшимися в то время бесплатными и не очень приложениями — Zotero, Mendeley, EndNote — десятки их. Но в одних случаях останавливала цена, в других — недостатки интерфейса, в третьих — недостаток или, наоборот, избыток функций. На тот момент у меня уже был трехлетний опыт разработки MyHomeLib, поэтому было решено написать такой менеджер, который бы максимально устраивал меня по идеологии и функционалу. При этом интенсивно использовались интерфейсные наработки из MyHomeLib, что существенно ускорило процесс. Вот что получилось в результате:


    Основные возможности:
    • Каталогизация ссылок (включая не только библиографическую информацию, но и файлы статей)
    • Поддержка самых ходовых форматов обмена библиографической информацией (RIS, ENW, NBIB)
    • Встроенный просмотр pdf и djvu
    • Интеграция с MS Word
    • Гибкая настройка стилей для списка цитат
    • Многоуровневая группировка статей
    • Локальный поиск по библиографическим данным
    • Возможность легко создавать бекапы данных

    Чтобы это не выглядело как проделки маркетологов, я просто опишу использование SciRef при подготовке статьи.
    Итак, пункт первый: формирование базы цитирований. Наиболее занудная часть, которая больше всего пугает новых пользователей подобного софта. Конечно, данные можно долго и нудно вводить руками, но к счастью, есть более простой метод. Сейчас у подавляющего большинства журналов можно скачать библиографическое описание статей в одном из упомянутых выше форматов. Поэтому алгоритм заполнения базы выглядит следующим образом: находим нужную статью на Google Scholar, переходим на сайт журнала, жмем «Download citation», открываем скачанный .ris файл в SciRef. Повторяем для всех нужных статей. На этом этапе имеет смысл создать в SciRef группу, и добавлять свежие ссылки туда. Это очень облегчает жизнь, когда количество статей в базе переваливает за сотню. Также на этом этапе можно добавить и текст статьи. SciRef умеет как «пристегивать» локальные файлы, так и скачивать их самостоятельно (в зависимости от издательства и наличия у вас доступа).

    Вкладка «Группы»:



    Пункт второй: Написание текста статьи и добавление в нее цитат. Тут все просто — пишем текст в MS Word, в нужный момент выделяем ссылку в SciRef, жмем кнопку «Добавить в MS Word». Ссылка вставляется как стандартный вордовский объект. Хинт: чтобы ссылка в документе выглядела красиво (это так: [1]), нужно в самом Word задать стиль ссылок IEEE 2006. Потом пишем дальше, вставляем ссылки и так до конца. При вставке нескольких ссылок подряд, они будут выглядеть так [1][2][3], пусть вас это не смущает, исправим это позже.
    Преимущество использования стандартных ссылок Word состоит в том, что он сам позаботится о правильном порядке нумерации. Т.е. если возникнет необходимость поменять местами пару абзацев текста, или добавить ссылку в начале — не нужно беспокоится о правильной нумерации, все перестроится автоматически.


    Пункт третий: Добавляем список цитирований в документ. Тут тоже все просто: переходим на последнюю страницу Word, потом возвращаемся в SciRef. Выбираем нужный стиль в зависимости от целевого журнала, и просто жмем «Insert bibliography». При необходимости, формат списка можно гибко настроить в менеджере стилей. Вот пример списка для Nano Letters:

    (1) Penkov O.V.; Pukha V.E.; Devizenko A.Y.; Kim H.J.; Kim D.E. Nano Lett. 2014, 14, 2536–2540.

    Ну и, наконец, Пункт третий: финальная обработка. Перед самой отправкой статьи в редакцию, нужно преобразовать вордовские объекты-ссылки в текст, заодно объединить последовательности [1][2][3] в более приятное редакторскому глазу [1–3]. Делается это одной командой — «Convert objects to text». Все готово.

    Это далеко не все возможности SciRef, но самые основные. Остальное я постарался подробно изложить во встроенной справке.

    Напоследок, важное замечание про «сколько это стоит». Программа распространяется как shareware с 60-дневным триалом. Но: SciRef совершенно бесплатна для пользователей ex-USSR. Если у вас в системе русская или украинская локаль- просто пользуйтесь и все. Если нет — напишите мне в ЛС, я пришлю ключик.
    Прямая ссылка. (8 mb)

    Теперь, коротко, об остальном.

    AFM Vision



    Небольшая утилитка для визуализации данных атомно-силовой микроскопии (AFM)/ Основная задача — подготовка 2D и 3D изображений, которые не стыдно вставить в статью. Заточена под форматы данных микроскопов Seiko (.iqt) и Park Systems (.txt). Но, помимо этого, поддерживает импорт из gray-scale bmp, что позволяет загрузить любые данные. В этом случае нужно будет только указать минимальный и максимальный уровень высоты.
    Основная вкладка:

    Можно поменять уровни, немного отфильтровать, посмотреть вертикальное и горизонтальное сечение (профиль) в любом месте. Профили можно сохранить в текстовом формате или скопировать в буфер.
    Вкладка 3D:

    Можно настроить палитру, масштаб, углы поворота (мышкой). Настройки можно сохранить в виде профиля для повторного использования.
    Примеры использования: раз и два.
    Прямая ссылка

    Raman 2D



    Недавно выяснилось, что крутейший Рамановский спектрометр (LabRam Aramis) умеет снимать карту распределения, но совершенно не умеет с ней работать! Т.е. оно просто сохраняет спектр для каждой точки в отдельный файл. И вместо картинки 15×15 мы получаем 225 текстовых файлов. Пришлось срочно изобретать еще один велосипед. Вот что получилось в итоге:

    Работает просто — указываем папку с нашими данными, задаем маску имени файлов, жмем «Start import», получаем карту. Можно выбрать тип данных — интенсивность линий (интегральную или пиковую), либо соотношение интенсивностей (полезно для графена), построить карту смещения линий. Диапазоны настраиваются, так что можно использовать и для других элементов помимо углерода. Пример использования.
    В архиве с программой есть две папки с примерами исходных данных, для «поиграться». Никакая активация и установка не нужны, просто распакуйте архив.
    Прямая ссылка

    X-Ray Calc



    Наиболее специфическая программа из представленных. И самая любимая, потому как разрабатывается уже 15 лет (с перерывами). Предназначена для моделирования малоугловой рентгеновской дифракции. Реализован метод рекуррентных соотношений (Barbee T.W. Opt. Eng. 1986, 25, 899–915). Простейшее применение — определение толщины однослойных пленок с помощью рентгеновской дифракции. Поддерживает модели любой сложности, как периодические, так и апериодические, и их комбинации. Все эти годы интенсивно используется в Лаборатории рентгеновской оптики Харьковского политеха.

    Позволяет одновременно отрисовывать неограниченное количество моделей и экспериментальных кривых. Основная фишка — удобный ручной подбор параметров теоретической модели под экспериментальные данные.

    Примеры использования: раз и два.
    Условия распространения — те же, что и у SciRef (т.е. бесплатно) + обязательная ссылка при публикации.
    Прямая ссылка

    Post Scriptum


    Надеюсь, что что-то из выше перечисленного окажется полезным и я не зря написал эту простыню. Ссылки на сам сайт не даю, дабы не было рекламой.
    Также просьба сообщать об опечатках в личку. Спасибо за внимание.
    Поделиться публикацией
    Реклама помогает поддерживать и развивать наши сервисы

    Подробнее
    Реклама
    Комментарии 36
    • +26
      <offtopic>
      Бывает и такое
      </offtopic>
      • +2
        Вот чёрт! Пора пересмотреть.
      • +5
        А не думали исходники опубликовать?
        • 0
          Думал, но пока еще не определился.
        • +2
          Жаль, что только под винду.
          • НЛО прилетело и опубликовало эту надпись здесь
            • 0
              Delphi.
              Насчет портирования не уверен, как с этим дело нынче обстоит. Но, думаю, должно нормально работать под Wine. По-крайней мере, MyHomeLib работает.
              • 0
                Есть Lazarus, который говорят очень не плох и Delphi совместим
                • +1
                  Да, можно попробовать. Хотя предыдущий опыт с Лазаурусом, пару лет назад, был неудачным.
              • +1
                Вот тут намного уместнее, на мой взгляд, если софт реально того стоит, как минимум попытаться запустить на wine
                • 0
                  Проблема в том, что SciRef завязан под офис, а я им уже 5 лет не пользуюсь для набора текста. Да и в научной среде он не распространён, только в странах СНГ.
                  • +2
                    И в Корее.
                    • 0
                      Ну в этом вопросе я полагаюсь на Вас :)
            • 0
              Я пользуюсь Zotero. Напишите, пожалуйста, чем он не удовлетворил и чем SciRef лучше?
              • 0
                Ой, с того момента уже два года прошло, так что я уже не помню подробностей. Кажется, смущало то, что в Zotero много завязано на их облако, а я предпочитаю полную автономность. Ну и фломастеры, на вкус и цвет, как известно, разные.
                Думаю, имеет смысл попробовать самому и решить — нравиться или нет.
                • 0
                  На всякий случай, есть еще Mendeley
                  • 0
                    Zotero мне нравится больше. Хотя, сейчас тоже не помню чем :)
                    • 0
                      В Mendeley мне не нравится принцип организации интерфейса. К примеру, на 24" мониторе мне не нужна аннотация на пол-экрана, зато на это место замечательно вписывается просмотр pdf. И так во всем. Я не настаиваю, что что мой вариант интерфейса самый-самый, но он идеально подходит под мои требования.
                      • –1
                        Я, простите, не знаю, как у Вас, у меня на 24 дюймовом мониторе отлично всё просматривается, все доп поля спокойно убираются/разворачиваются и так далее, хоть как просто pdf читалку используй.

                        Думаю, предложить профессору купить место на лабу за 10 баксов, хотя вся моя библиотека на 400 статей отлично уживается и на бесплатном месте, предоставленном by Mendeley.
                        • 0
                          Я никому свое мнение не навязываю (в отличие от). Нравится вам Менделей- ну и пользуйтесь на здоровье.
                          • 0
                            Да я, собственно, не собираюсь также никому ничего навязывать, просто не понимаю, в чём может быть проблема, так как они уже давно запилили передвижные поля для аннотаций и библиотеки — хошь шире, хошь уже…
                            • 0
                              Ваша проблема в том, что разводите банальный холивар на тему какие фломастеры вкуснее. Не знаю уж, по какой причине.
                              А нет у меня никаких проблем — у меня уже есть софт, который а) делает ровно то, что мне нужно и так, как мне нужно и б) в любой момент может быть допилен, если что-то потребуется. Вот не далее как вчера я добавил еще пару полей в БД SciRef, потратив на это целых два часа.
                  • 0
                    В X-Ray Calc есть возможность автоматической подгонки расчёта под эксперимент?
                    • 0
                      Пока нет. Я практически реализовал генетический алгоритм, думаю, в обозримом будущем доведу до ума.
                    • +1
                      Программа для базы цитирований — хороша: не нужно лихорадочно по папкам искать нужную статью.
                      • +5
                        Автору хвала. Сам для научников написал только одну программу (https://gitlab.com/h4tr3d/crowns), причём сейчас с большим смущением смотрю в её код. Но работу делает. Правда (что знаю) пользуется только в двух местах: БПИ ДВО РАН и в заповеднике Бастак (Биробиджан). Исходники выложил под GPLv2.

                        Вообще, наука, особенно не связанная с математикой, это непаханное поле для автоматизации. Вот где бы пришлись по месту силы разработчиков нового супер лайт браузера или очередного двухпанельного менеджера: и тяга к писательству и польза для общества, пусть и косвенная.
                        • +1
                          SciRef интересен, но лично мне не хватает следующего:
                          1. нативной версии под Линукс, хотя, конечно, и с wine можно смириться
                          2. возможности извлечения информации о статье по doi и/или pmid — копипастнуть одну строчку проще, чем загружать/читать файлы
                          3. возможности извлечения информации из текста самой статьи, хотя бы просто по поиску в ней doi — можно было бы, как в Mendeley, вносить в базу статьи целыми директориями
                          4. интеграции с tex/bibtex — всё-таки это стандарт в той области науки, где я работаю

                          Возможно, что-то из этого присутствует, но просто не упомянуто в описании, тогда прошу прощения. Саму программу потестить не могу за отсутствием под рукой windows.
                          • +1
                            Для удобной работы с библиографией под убунту использую kbibtex.
                            • +1
                              WTF?

                              • 0
                                cloudflare.com потому что
                                забанено властями
                                • +1
                                  Ага, блокировка CloudFlare.
                                  Добавьте direct. в начале URL.
                                • +1
                                  IMHO, есть Mendeley для цитировния (люди на него пересаживаются даже после Papers в MacOS), Gwyddion для обработки AFM и, пожалуй, под 2D Раман тоже сгодится…
                                  • 0
                                    Про Gwyddion я в курсе. Оно хорош для сложных задач. А вот подготовить в нем 10 однотипных картинок для презентации — запаришься. Не понравилось, в общем.
                                    Помимо функционала как такового, для меня важно, что бы рутинные процедуры делались максимально быстро, поэтому весь мой софт заточен именно под это.
                                    • –1
                                      Ну тут каждому своё, по мне так Gwyddion — супер программка, каких-то конкретных запарок с рутиной я в нём не жалечал, но это всё ИМХО…
                                      • 0
                                        Просто, у каждого свое представление о прекрасном.
                                    • +1
                                      Про Mendeley ответил выше.
                                      Вообще, давно заметил, что когда прикладной софт пишут программисты, которые никогда им сами не пользуются — результат, в плане юзабилити, получается плачевный. И чем более специализированный софт — тем больше грабли.
                                      Вот пример: родной софт AFM Seiko. Да, он красиво рисует 3D. Который потом нигде нельзя использовать, ибо 1) картинка на черном фонe (попробуйте в журнал такую отправить, ага; 2) Невозможно просто размер шрифта для подписей поменять. В итоге приходилось долго и нудно это все в фотошопе перерисовывать.

                                    Только полноправные пользователи могут оставлять комментарии. Войдите, пожалуйста.