КриптоПро Winlogon не проверяли на новых алгоритмах. Мы использовали криптопровайдер КриптоПро CSP 3.6 с алгоритмами ГОСТ Р 34.10-2001 и ГОСТ Р 34.11-94. В новой версии криптопровайдера КриптоПро CSP 4.0 уже поддерживаются алгоритмы ГОСТ Р 34.10-2012 и ГОСТ Р 34.11-2012, так что должно работать. Ждём сертифицированной версии.