Конечно в доктрине также можно писать миграции вручную. Только что созданную автоматически миграцию можно самому подправить. На этапе разработки возможно обходиться вообще без миграции, когда достаточно сделать одну команду для синхронизации таблиц с маппингом. Это экономит время.

Он не лезит в чужие внутренности. Только туда, где есть puli.json, то есть api для puli.

Ну в конце статьи написано, какое отношения это имеет к симфонии. Кстати, в symfony-standart 2.8 удалили AsseticBundle, и по умолчанию его не будет, вроде как в пользу grunt, gulp и т.п. В связи со скорым выходом symfony 3, неизвестно будет ли интеграция с puli

Прочитайте повнимательней или посмотрите документацию к puli. Эта библиотека решает другие проблемы.

Что-то похожего для php я не видел. Научиться пользоваться? Поверьте, это не так трудно. Puli.json по желанию.

Я понимаю, что всем надоело навязывание сомнительных стандартов. Но здесь стандарт — это просто общее api для разработчиков, которые будут использовать puli.