В соответствии с PMBOK есть организации у которых образ действия операционный, а есть проектный. Насколько я понял по Вашим статьям у вас больше операционный образ действия, когда надо делать какую-то работу, а не то что называется проектом.

Про зависимости между задачами в этом статье не забывается. На счет остальных издержек мне не совсем понятно. Если есть риски связанные с тем что синхронизация отделов повлияет на сроки сдачи проекта, то с ними надо поступать как с обычными рисками, т.е. продавать, обходить, и т.д.

Другие издержки менеджеру проекта обычно не очень интересны, это больше к тем кто управляет финансами и портфелем проектов.