Фиг знает, что у них выйдет, но меня лично задалбывают интерфейсы а-ля пинтерест.

Коллега slik посоветовал proftpd, а я посоветую vsftpd. :)

По конкретной проблеме «парочка гениев, которые понимают только FTP и только через Total Commander» — ничего сложного, можно настроить ftp +ssl (ftps) и Total Commander отлично все поймет и съест (у меня тоже есть такие упертые юзеры ;) ). Правда им, возможно, придется отдельно установить Open SSL.

На дебиане/юбунту установка будет выглядеть примерно вот так:
0) Установить сервер:

apt-get install vsftpd

1) Сгенерировать ssl-сертификат:

openssl req -x509 -nodes -days 365 -newkey rsa:1024 -keyout /etc/ssl/certs/vsftpd.pem -out /etc/ssl/certs/vsftpd.pem

2) Подправить конфиг ( /etc/vsftpd.conf ) до такого вида:
listen=YES
# Запрещаем анонимный доступ
anonymous_enable=NO
# Открываем локальным пользователям доступ к домашним директориям по FTP
local_enable=YES
local_umask=023
# Разрешаем команды на запись
write_enable=YES
# Максимум соединений с одного ip
max_per_ip=2
# Максимум клиентов
max_clients=20
# Показывать скрытые файлы
force_dot_files=YES

# passive mode
pasv_min_port=49000
pasv_max_port=49039

dirmessage_enable=NO
xferlog_enable=YES
connect_from_port_20=YES
ftpd_banner=Welcome to INSERT-YOUR-SERVER-NAME.ru FTP service.

# "Запираем" пользователей в домашних папках
chroot_local_user=YES
secure_chroot_dir=/var/run/vsftpd
pam_service_name=vsftpd

# Включаем и форсируем SSL
ssl_enable=YES
force_local_data_ssl=YES
force_local_logins_ssl=YES
ssl_tlsv1=YES
ssl_sslv2=NO
ssl_sslv3=NO
rsa_cert_file=/etc/ssl/certs/vsftpd.pem

Перезапустить демон:

/etc/init.d/vsftpd restart

3) Все вышеперечисленное откроет доступ к ftps всем пользователям системы. Пользователям, которым не нужен ssh/sftp/scp — нужно поставить оболочку /bin/false, например. Делается это как-то так:
а) добавляем /bin/false в шеллы (если это не сделано было ранее, разумеется):

echo "/bin/false" >> /etc/shells

б) меняем оболочку. Для добавленных пользователей:

usermod -s /bin/false USERNAME

Для добавления новых пользователей с такой оболочкой придется писать примерно следующее:

useradd USERNAME -b /home -m -U -s /bin/false
passwd USERNAME 

Вот собственно и вся настройка, более-менее безопасно. По крайней мере, пароли не будут в открытую по сети передаваться.

P.S. а эстеты еще и к sql-базе подключают ftp-сервер, чтобы удобнее было — гугл в помощь.