zip-модули с байт-кодом отлично переносятся между разными машинами/осями, я писал об этом недавно.
Самый известный вариант применения — это видимо setuptools/eggs

Если бы указанные вами модули обеспечивали необходимый фукционал по созданию модулей, упаковнных в zip-файл,
мы бы непременно ими воспользовались. Так или иначе, код модуля py_comile дейстивительно послужил прототипом для представленной здесь утилиты mkpyzip.

Да, в нашем случае действительно все несколько иначе.

Мы собираем zip-модули по описанной в статье схеме и складываем их в site-packages.
плюс у нас настроен авто-импорт (расширение sys.path) для всех zip-файлов лежащих в site-packages.

Поскольку мы рассматриваем нашу сборку питона как embedded-solution, которая прозрачно сосуществует (никак не конфликтуя и не пересекаясь) с любой другой официальной инсталляцией питона, мы можем себе такое позволить.

Позволю себе небольшое уточнение.
zip-модули в питон мы не изобретали, они были изобретены самими разработчиками языка.
Здесь просто рассказано как их создавать, и какие при этом могут возникнуть сложности

Все вами сказанное абсолютно верно.
Просто когда я писал «инструмент инсталляции»,
то установку в виде «яйца» я относил к одному из вариантов инсталляции модулей.

Спасибо, интересное предложение, мы его рассмотрим.
Но на в данный момент релизов вместе с интерпретатором питона еще не было, только внутренние исследования.

setuptools — это все-таки инструмент инсталляции новых модулей в питон.
В этой статье просто хотелось рассказать, что сами модули, уже будучи установленными, могут находиться в zip-архивах.