Реализация метода Куттера-Джордана-Боссена в MATLAB

Код, конечно, страшный. Всё можно понять, например, студенческий проект, неопытность в программировании, но почему у вас функция read_txt не принимает имя файла? Почему имя файла захардкожено как message.txt? Это же процедура в конце-концов! :)

И ещё, если пишете на матлабе, то никогда не используйте скрипты и все эти clear all; close all; clc; — это плохая практика. Практически всегда лучше использовать функции, которые не загаживают Workspace своими переменными, в том числе для запуска и тестирования своего кода. С Base workspace всегда можно общаться через assignin/evalin если есть такая необходимость.

Ну и в общем, личное мнение: для этой простой штуки дорогущий и монстроузный Matlab не нужен, связка Python+numpy+matplotlib+spyder (или пакет Anaconda) решает. :)