Использование Global Illumination в собственных шейдерах в Unity 5

… Таким образом, единственный теоретический способ добиться желаемого — модифицировать внутренний шейдер и подложить его в определенное место в проекте. Никаких иных более детальных указаний документация не предоставляет. К слову, простое копирование в нужное место результата мне не принесло, движок по-прежнему использовал внутренний исходный шейдер. ...

Если я правильно понял, то Вы хотите заменить Internal-DeferredShading.shader на свой. Для этого нужно зайти в Edit -> Project Settings -> Graphics и для Built-in shader settings -> Deferred в списке выбрать Custom Shader. Ну и далее, собственно, заменить. В Resources вроде как ничего не нужно подкладывать.