HOW-to / Настройка сети и VLAN на выделенном сервере Hetzner и Mikrotik

Странность в том, что гейтом предлагается использовать собственный адрес физического сервера.

Не предлагается, а сеть будет маршрутизироваться через этот адрес, т.е у хецнера будет маршрут в вашу /29 через сервер. А дальше уже ваше дело как вы будете раскидывать адреса

Вы какую-то не ту документацию смотрели по настройке адресов.
How-to — есть там оба варианты с описанием.

Как сеть отвалится, посмотрите, какие интерфейсы соединены в бридж и входят ли туда интерфейсы виртуалок. Можно добавить недостающие вручную.
Чтобы бридж не пересоздавался каждый при изменении сетевых настроек, можно сетевые параметны вынести на интерфейс, который затем включить в бридж.

За документацию спасибо огромное, посмотрел, там не все что нужно, но многое, странно, что я не находил.

Как сеть отвалится, посмотрите, какие интерфейсы соединены в бридж и входят ли туда интерфейсы виртуалок. Можно добавить недостающие вручную.
Чтобы бридж не пересоздавался каждый при изменении сетевых настроек, можно сетевые параметны вынести на интерфейс, который затем включить в бридж.

Вот тут можно подробнее? Если интерфейс входит в бридж, то он будет пассивным, manual, и адреса на нем ставить нельзя.
Если мы добавляем основной интерфейс в бридж vmbr0, затем на нем включаем VLAN aware и добавляем к этому бриджу сабинтерфейс vmbr0.4000 — такая конфигурация не позволяет задать этот сабинтерфейс на виртуалку, пробросив VLAN внутрь.

Можно ли описание схемы, которую вы предлагаете использовать на хосте?