Во первых — Sophia не основана на LevelDB. Если интересно, то вы можете почитать здесь и здесь

Во вторых — тут имеют ввиду отключить запись WAL и не использовать engine='sophia', для спейса, который вы бенчмаркаете:

box.cfg{
    wal_mode='none'
}
box.schema.create_space('test', { engine = 'memtx' })

PS можете показать ваш конфиг тарантула?

буду ждать появления батчинга/пайплайнинга в драйвере для Python

Было-бы прекрасно если бы вы отписались/апнули тикет https://github.com/tarantool/tarantool-python/issues/55

Это круто, если сервер никогда не падает. В redis с этим бывают проблемы, поэтому я всегда об этом думаю заранее.

Для этого нужно использовать репликацию и snapshot/xlog (аналоги aof/rdb для редиса). Или я не совсем понял вашу проблему.

но первый, про delete и select — это, возможно, особенности питоновского драйвера

Select — не особенности питоновского драйвера, а ограничение на уровне Тарантула. 2 Гб это максимум пакета, который отправляется по сети. Но есть у меня небольшое впечатление, что это можно/проще обрабатывать прямо на борту Тарантула (но всё, конечно, зависит от задачки).
Delete — оборачивается, проще всего, в хранимку на Lua.

что сервер отжирает память и никому не отдаёт

Это, конечно, так, но касается только памяти под данные.

Оффициально — в питоновском драйвере такой возможности нет, но неоффициально, для примера, можно привести кусок кода из тестов:

from tarantool import Connection
from tarantool.request import RequestInsert
from tarantool.response import Response

c = Connection('localhost', 3301)
c.connect()
request1 = RequestInsert(c, 512, [1, "baobab"])
request2 = RequestInsert(c, 512, [2, "obbaba"])
s = c._socket
try:
    s.send(bytes(request1) + bytes(request2))
except OSError as e:
    print '   => ', 'Failed to send request'
response1 = Response(c, c._read_response())
response2 = Response(c, c._read_response())
print response1.__str__()
print response2.__str__()

Оффициально батчинг (пайплайнинг) поддерживается в драйвере для C.

Как минимум, есть ситуация начальной загрузки базы данных в случае падения сервера.

Вот об этом, пожалуйста, поподробнее.